Không chỉ là cửa ngõ đường thủy vào cố đô Hoa Lư và khu danh thắng Tràng An, sông Sào Khê còn được công nhận là di tích lịch sử gắn với kinh đô Hoa Lư và sự kiện dời đô về Thăng Long bằng đường thủy.[3]

Dự án nạo vét, xây kè, bảo tồn cảnh quan sông Sào Khê thuộc Khu di tích lịch sử Cố đô Hoa Lư có tổng mức đầu tư 2.595.834 triệu đồng, thời gian thực hiện từ 2015-2016.[4] Dự án có vai trò, ý nghĩa quan trọng, góp phần tôn tạo, bảo tồn cảnh quan quần thể di tích lịch sử Cố đô Hoa Lư; tạo điều kiện phát triển du lịch, lễ hội, cải tạo môi trường tự nhiên. Dự án có 4 hạng mục lớn, gồm phần thuỷ lợi, công trình giao thông cầu, công trình kiến trúc văn hoá và đường giao thông. Về phần thuỷ lợi, đồng thời tiến hành xây dựng âu thuyền Trường Yên, xây dựng 3 tuyến đường phòng hộ, 36 cống tưới tiêu, 37 bến thuyền các loại dọc 2 bên bờ sông.

Di chỉ khảo cổ học Ghềnh Tháp được phát hiện năm 1983, nơi sông Sào Khê xuyên qua thuộc, huyện Hoa Lư. Tháp được xây toàn bằng gạch bìa, đáy tháp quy vuông mỗi chiều 16m, lòng tháp rỗng, mỗi chiều 1,5m, độ cao còn lại 0,9m với 18 lớp gạch xếp. Tháp rỗng lòng, bốn mặt tháp có bốn cửa giả tháp dựng theo hướng gần chính bắc nam. Hiện vật thu được chủ yếu là những vật liệu kiến trúc trong đó có ngói mũi hài đơn loại nhỏ, ngói bản ngói bản ngói móc, gạch bìa, gạch vuông, gạch hình khay, gạch hình vành khăn. Vách núi phía đông di tích thu được 1 phác vật bia. Xung quanh thu được gạch ngói tượng chân thú, một số tượng đầu phượng. Di chỉ có niên đại cuối Trần đầu Lê.